La città marinara, posta in affaccio sull'omonimo golfo, prende nome da Manfredi, re di Sicilia, che ne iniziò la costruzione, a metà '200, per trasferirvi gli abitanti di Siponto; l'impianto medievale, disegnato a scacchiera intorno al nucleo fortificato del Castello e delle mura, fu completato dagli angiomi e integrato soprattutto nel periodo barocco con l'espansione verso il monte. Resta florida sino a tutto il '400, risentì poi pesantemente dell'isolamento rispetto all'entroterra foggiano, al quale la ricollegarono, nel XIX secolo, l'inizio dei piani di bonifica e l'apertura della ferrovia. Nel '900, l'aumento progressivo dei residenti, non più 'contenuti' dal nucleo storico (le mura erano state già abbattute), si è accompagnato allo sviluppo dei settori turistico e industriale.
Il Castello, iniziato da Manfredi nel 1256 con mastio quadrilatero e quattro torri angolari, fu completato sotto i d'Angiò da Pierre d'Angicourt e 'addizionato' nel '500, sul lato rivolto all'abitato, di un baluardo pentagonale, più adatto a resistere alle armi da fuoco; adibito sotto i Borbone a carcere, è oggi sede del Museo Nazionale del Gargano, che raccoglie il prezioso materiale delle civiltà protostoriche della Dàunia. La ceramica impressa e le selci dell'età neolitica documentano contatti tra questa zona e le isole Eolie; particolarmente interessanti i materiali da Coppa Nevigata; i più antichi risalgono al IV millennio a.C., ed eccezionali sono i frammenti di vasi micenei che attestano commerci con l'Oriente già nel II millennio a.C. Una sorta di 'unicum' del museo sono le oltre 1500 stele dàunie (VII-VI secolo a.C.), tra le più importanti collezioni di arte italica che la penisola possa vantare, scoperte - arceologicamente parlando - negli anni '60 del XX secolo e tutt'oggi oggetto di studi interpretativi da parte degli esperti.
Il porto, sul quale il fortilizio affaccia, svolge, per la posizione geograficamente baricentri tra il Gargano e la costa barese e l'indotto relativo all'impianto petrolchimico a nord della città, funzioni commerciali e turistiche.
La Cattedrale, edificata nel 1680 dopo la distruzione, per mano dei turchi, della precedente costruzione gotica, è un significativo esempio del barocco locale. La chiesa San Domenico ingloba l'angioina cappella della Maddalena.
